Ok ainda tenho bases em 4.1 e uma restauração, eu percebi que tinha uma tabela de erro no meu backup. Para reparar todos os seus dados, basta executar o seguinte comando:

mysqlcheck-auto-reparar-u "user"-p "Nome do seu banco de dados"

Depois, você pode fazer um backup completo do seu banco de dados e com maior segurança travando as tabelas.

Ele bloqueia todas as tabelas antes de iniciar o despejo.
Você pode adicionar a opção-f para continuar mesmo erro é particularmente importante no cron. Seria estúpido fazer uma restauração parcial.

mysqldump-lock-tables-u "user"-p "Nome do seu Banco de Dados"> database.sql